Em 1988, a saúde de Graham começou a deteriorar-se. Os seus anos de alcoolismo tinham deixado a sua marca e este tinha o fígado danificado. No entanto foi algo diferente que o matou. Em Novembro desse ano, durante uma consulta de rotina no seu dentista, este reparou que as suas amígdalas estavam estranhamente grandes. Mais tarde descobriu-se um tumor maligno nas amígdalas, que teve de remover. Depois de uma consulta com o seu médico, Chapman descobriu que o problema nas amígdalas derivava de um cancro na coluna. Ele foi operado e removeu o tumor, mas ficou confinado a uma cadeira de rodas. Durante o ano de 1989 submeteu-se a várias operações e a tratamentos de radioterapia, mas sempre retirava um tumor, aparecia-lhe outro ou na coluna ou na garganta. Foi na sua cadeira de rodas que gravou algum material para a celebração dos vinte anos dos Monty Python. Mas, a 1 de Outubro, foi hospitalizado em Maidstone depois de um ataque cardíaco grave que se tornou numa hemorragia.
Na noite da sua morte, a 4 de Outubro, estavam presentes John Cleese, Michael Palin, o seu companheiro David Sherlock, o seu irmão John e a sua cunhada, no entanto John Cleese teve de ser levado para lidar com a dor e o choque de ver o seu amigo a morrer. Terry Jones e Peter Cook também o tinham visitado nesse dia. A morte de Chapman ocorreu na véspera do 20º aniversário da primeira transmissão do Monty Python's Flying Circus, algo a que Terry Jones chamou o "pior caso de festa perdida da História".
Os Monty Python decidiram não estar presentes no seu funeral, para que este não se tornasse num circo dos media e para dar alguma privacidade à família de Chapman. A sua presença foi marcada de uma forma bastante humorística, como sempre. O grupo enviou o pé característico dos seus programas com a mensagem: "Para o Graham dos outros Pythons. Pára-nos se estivermos a ficar muito patetas". Em vez de marcarem presença no funeral, os Pythons organizaram um Memorial com todos os amigos de Graham para celebrar a sua vida. O Elogio foi feito por John Cleese e ainda hoje é um dos mais famosos de sempre. Os restantes Pythons também discursaram sendo que Idle tinha lágrimas nos olhos e disse que Graham tinha preferido morrer a ouvir mais Michael Palin a falar (é conhecido como uma piada dos Monty Python que Palin fala demasidado). Durante a cerimónia foram cantadas músicas como Jerusalem, uma das preferidas de Chapman e Always Look On The Bright Side Of Life. Esta foi cantada pelos amigos mais próximos de Graham, guiados por Eric Idle, que mais tarde confessou ter sido uma das coisas mais difíceis que alguma vez teve de fazer.
O Elogio feito por John Cleese foi o seguinte:
Graham Chapman, co-autor de "Parrot Sketch", já não é.
Deixou de ser, foi desta para melhor, descansa em paz, esticou as canelas, bateu as botas, nos deixou, foi-se, deu seu último suspiro e foi ter com o Poderoso Chefão do Entretenimento do Céu, e acho que estamos todos pensando que é muito triste que um homem com tanto talento, tanta capacidade e bondade, de tanta inteligência tenha sido levado de nós com apenas 48 anos, antes de ter conseguido muitas das coisas de que era capaz, e antes de se ter divertido o suficiente.
Bem, eu sinto que devo dizer algo sem noção como: já vai tarde, otário, espero que queime no inferno.
E a razão pela qual sinto que devo dizer isto, é porque ele nunca me perdoaria se eu não o fizesse, se eu desperdiçasse esta oportunidade de chocar vocês em nome dele. Tudo para ele era contradizer o bom gosto. Podia ouvi-lo a sussurrar nos meus ouvidos ontem à noite quando estava a escrever isto:
"Tudo bem, Cleese, estás muito orgulhoso por ter sido a primeira pessoa a dizer 'merd@' na televisão. Se este Memorial é mesmo para mim, quero que seja a primeira pessoa a dizer 'fod@-se' num Memorial na Inglaterra!"
O problema é que não consigo. Se ele estivesse aqui comigo agora, provavelmente teria coragem, porque ele me incentivou. Mas a verdade é que, não tenho os tomates dele, o seu desafio esplendido. E por isso vou ter contentar-me por dizer 'Betty Mardsen…'
Mas depois de mim pessoas mais arrojadas e desinibidas vão vir para aqui. O Jones e o Idle, o Gilliam e o Palin. Só Deus sabe o que a próxima hora vai trazer em nome do Graham. Calças a descer, blasfémias e saltitões, demonstrações espantosas de peidos a alta-velocidade, incesto sincronizado. Um dos quatro está a planear enfiar um ocelote morto e uma máquina de escrever da Remington de 1922 no seu próprio rabo ao som do terceiro movimento do cello concerto do Elgar. E isto é na primeira parte.
Porque o Gray quereria isto desta forma. A sério. Para ele é tudo menos bom gosto sem cabeça. E é isso que vou lembrar sempre dele, sem contar, claro, com a sua extravagância olímpica.Ele era o príncipe do mau gosto. Ele adorava chocar. De facto, mais do que ninguém que eu conheça, o Gray encorporizava e simbolizava tudo o que era mais ofensivo e jovenil nos Monty Python. E o seu prazer em chocar pessoas levava-o a feitos cada vez maiores. Gosto de pensar nele como um pioneiro que abriu o caminho para que espíritos mais fracos o podessem seguir.
Algumas memórias. Lembro-me de escrever o sketche da agência funerária com ele, e ele sugeriu a punch line, "Vamos come-la toda a noite, mas depois vamos sentir-nos mal por isso, vamos escavar uma campa e podemos vomitar para lá". Lembro-me de descobrir que, em 1969, quando escrevíamos todos os dias no apartamento onde a Connie Booth e eu morávamos, que ele tinha descoberto o jogo de escrever palavrões em papelinhos, e depois punha-os discretamente em sítios estratégicos em todo o nosso apartamento, o que nos forçava a fazer procuras frenéticas de última hora sempre que esperávamos convidados importantes.
Lembro-me dele em festas da BBC e rastejar pelo chão a esfregar-se afeccionadamente ás pernas de executivos de fato e a lamber delicadamente os tornozelos femininos mais apetecidos. A senhora Eric Morecambe também se lembra disso.
Lembro-me de quando ele foi convidado para discursar na Oxford union, e de entrar na sala vestido de cenoura, um fato cor-de-laranja completo com um chápeu verde grande, e depois, quando chegou a vez dele de falar, recusou-se a faze-lo. Ficou alí especado, sem dizer nada, durante vinte minutos, com um lindo sorriso. Foi a única vez na História em que homem completamente calado conseguiu causar um motim.
Lembro-me de o Graham ter recebido um prémio de TV do jornal Sun do Reggie Maudling. Quem mais! E de levar o troféu a cair para o chão e a rastejar todo o caminho até à sua mesa, a gritar alto, o mais alto que conseguia. E se se lembram do Gray, isso era mesmo muito alto.
É magnifico, não é? Estão a ver, aquilo do choque… não é que zangue algumas pessoas, penso eu; Penso que dá aos outros uma alegria momentária de libertação, assim que nos apercebemos que nesse instante as regras sociais que comprimem as nossas vidas tão terrivelmente não são, na verdade, muito importantes.
Bem, o Gray não pode fazer mais isso por nós. Ele foi-se. É um ex-Chapman. Tudo o que temos dele agora são as nossas memórias. Mas vai demorar muito tempo até que desapareçam.

Discurso diferente, sem duvidas.